ระบบควบคุมเป็นองค์ประกอบหลักของเครื่องแมชชีนนิ่งเซ็นเตอร์แนวตั้ง รับคำสั่งจากผู้ปฏิบัติงานและควบคุมการเคลื่อนไหวของส่วนประกอบต่างๆ ของเครื่องจักร โดยทั่วไประบบควบคุมจะใช้ระบบ CNC ที่มีความแม่นยำสูง- ซึ่งช่วยให้สามารถกำหนดเส้นทางการตัดเฉือนที่ซับซ้อนและกำหนดตำแหน่งได้อย่างแม่นยำ ด้วยการควบคุมที่แม่นยำของระบบควบคุม ทำให้เครื่องแมชชีนนิ่งเซ็นเตอร์แนวตั้งสามารถบรรลุการตัดเฉือนที่มีความแม่นยำสูง- ซึ่งช่วยปรับปรุงประสิทธิภาพและคุณภาพของการผลิตได้อย่างมาก
